Bahagian Amalan Perubatan merupakan salah satu daripada 4 bahagian di bawah Program Perubatan yang diketuai oleh Timbalan Ketua Pengarah Kesihatan (Perubatan). Bahagian Amalan Perubatan dibahagikan kepada beberapa cawangan iaitu Cawangan Kawalan Amalan Perubatan Swasta, Cawangan Medico-Legal dan Cawangan Perundangan Perubatan. Ia juga merupakan sekretariat kepada Majlis Perubatan Malaysia, Majlis Optik Malaysia dan Cawangan Perkhidmatan Penolong Pegawai Perubatan.