Fungsi utama Sektor Kesihatan OKU adalah merancang, melaksana, memantau pelaksanaan dan menilai pencapaian serta keberkesanan program kesihatan OKU di kesihatan primer. Perincian fungsi merangkumi:

• Merancang dan membangunkan dasar serta strategi pelaksanaan Perkhidmatan Kesihatan OKU.
• Merancang pelaksanaan perkhidmatan program kesihatan OKU pada peringkat jagaan primer termasuk komuniti dan institusi yang meliputi:

1. Saringan kesihatan
2. Pengesanan dan intervensi awal
3. Rujukan
4. Rehabilitasi
5. Nasihat dan kaunseling
6. Promosi dan pendidikan kesihatan
7. Penglibatan komuniti

• Memantau pelaksanaan dan pencapaian program melalui:

1. Pengurusan data
2. Mesyuarat-mesyuarat teknikal
3. Menjalankan penyeliaan pelaksanaan program

• Membentuk garis panduan, modul latihan, prosedur operasi piawai, bahan pendidikan kesihatan dan sebagainya.
• Memberi input teknikal dan mengenalpasti keutamaan berkaitan penyelidikan serta perancangan bagi memperkukuhkan program dan perkhidmatan kesihatan.
• Memberi input teknikal mengenai keperluan sumber manusia, kewangan dan peralatan.
• Merancang pembangunan modal insan dan memberi latihan kepada pemberi perkhidmatan kesihatan.
• Menyediakan Laporan Kemajuan serta Impak Perkhidmatan Kesihatan OKU.
• Memberi input teknikal berkaitan penjagaan kesihatan OKU kepada agensi berkaitan seperti Jabatan Kebajikan Masyarakat, Kementerian Pembangunan Wanita, Keluarga dan Masyarakat, Kementerian Pendidikan Malaysia, dan lain-lain.
• Menyediakan kertas intervensi dan maklumbalas dokumen WHA, WHO, CRPD, CRC dan lain-lain yang berkaitan.
• Menyediakan input teknikal berkenaan soalan parlimen serta agensi kerajaan berkaitan.
• Jalinan kerjasama antara agensi dan badan bukan kerajaan (NGO), pertubuhan serta komuniti, bertujuan untuk memastikan penyediaan penjagaan kesihatan menyeluruh kepada golongan OKU dan keluarga mereka.