Fungsi utama bagi Sektor Kesihatan Bayi & Kanak-kanak adalah merancang, memantau pelaksanaan dan menilai pencapaian serta keberkesanan program kesihatan perinatal, bayi dan kanak-kanak. Perincian fungsi merangkumi:

• Merancang dan membangun dasar serta strategi pelaksanaan perkhidmatan penjagaan kesihatan kanak-kanak yang meliputi perkhidmatan kesihatan perinatal, bayi dan kanak-kanak
• Merancang dan membangunkan dasar dan strategi pelaksanaan dan pemantauan Program Imunisasi Kebangsaan 
• Surveilan kelahiran mati dan kanak-kanak bawah umur 5 tahun 
• Menyedia garis panduan, prosedur operasi piawai, modul latihan dan lain-lain 
• Pelaksanaan dan pemantauan Approach to Unwell Children Under 5 (ATUCU-5) menggantikan Program Integrated Management of Childhood iIlnesses (IMCI) 
• Penyediaan bahan teknikal dan input bagi promosi kesihatan dan penglibatan komuniti dalam penjagaan kesihatan bayi dan kanak-kanak 
• Penyelarasan dan pelaksanaan latihan kepada anggota kesihatan di lapangan 
• Memberi input untuk pembangunan dan perancangan sumber manusia, peralatan dan kewangan 
• Memberi input teknikal dan mengenalpasti keperluan kepada penyelidikan dan perancangan perluasan program kesihatan kanak-kanak 
• Memantau dan penyeliaan pelaksanaan dan pencapaian program melalui: 
  a) Pengurusan data 
  b) Mesyuarat-mesyuarat teknikal 
  c) Menjalankan lawatan penyeliaan pelaksanaan program
  
  
• Menyediakan laporan kemajuan serta impak program penjagaan kesihatan kanak-kanak 
• Kolaborasi strategi dengan pelbagai agensi dalam dan luar KKM serta luar negara seperti KPWKM, EPU, UNICEF, WHO, dan lain-lain bagi meningkatkan tahap kesihatan kanak-kanak