Sektor Perubatan Primer ini bertanggungjawab memastikan perkhidmatan perubatan yang diberi di klinik kesihatan dilaksanakan secara bersepadu merangkumi aspek promosi kesihatan, pencegahan, pengendalian pesakit (berjangkit dan tidak berjangkit) dan perkhidmatan kecemasan. Sektor ini juga bekerjasama dengan pelbagai sektor di bawah Bahagian Kawalan Penyakit dan bahagian-bahagian lain dalam pelaksanaan dan memantau kualiti perkhidmatan yang dijalankan di klinik kesihatan.
Fungsi:
1) Mengintegrasikan pengurusan dan rawatan penyakit (penyakit berjangkit dan tidak berjangkit), limitasi ketidakupayaan dan rehabilitasi penyakit melalui perkhidmatan penjagaan kesihatan primer yang berkualiti.
2) Melaksana, memantau dan menilai perlaksanaan program berkaitan perkhidmatan pengurusan penyakit berjangkit pada peringkat kesihatan primer seperti penyakit TB, Leprosy, HIV, STI, Denggi, Malaria dan lain-lain.
3) Melaksana, memantau dan menilai perlaksanaan program berkaitan perkhidmatan pengurusan penyakit kronik tidak berjangkit pada peringkat kesihatan primer seperti penyakit Diabetes, Hipertensi, Kardiovaskular, kanser dan lain-lain.
4) Memperkukuhkan, menyelaras, memantau dan menilai perlaksanaan Program Penurunan Kemudaratan seperti Methadone Maintenance Therapy dan Needle Exchange Programme.
5) Pemantauan indikator pengurusan pesakit berjangkit dan tidak berjangkit di klinik kesihatan.
6) Memantau pelaksanaan perkhidmatan sekunder peringkat penjagaan primer seperti perkhidmatan dialisis dan penjagaan luka di klinik kesihatan
7) Menjalankan latihan berkaitan Program Pengurusan Penyakit Berjangkit dan Penyakit Tidak Berjangkit di Kesihatan Primer.
8) Bekerjasama dengan sektor dan Cawangan Kawalan Penyakit di Ibu Pejabat KKM, Bahagian Perkembangan Perubatan , jabatan kesihatan, jabatan kerajaan dan agensi luar.