PROGRAM PERUBATAN bertanggungjawab bagi perkara-perkara berkaitan perkhidmatan perubatan yang disediakan di hospital. Ia diketuai oleh Timbalan Ketua Pengarah Kesihatan (Perubatan). Program ini terdiri daripada lima (5) bahagian; Bahagian Perkembangan Perubatan, Bahagian Amalan Perubatan, Bahagian Kesihatan Sains Bersekutu, Bahagian Kejururawatan dan Bahagian Perubatan Traditional dan Komplementari.